Jag tolkar "lateness" så att Clara närvaro gjorde det anlänt 300 år senare än det var meningen att .
När hon låsade på den hade den redan börjat försvinna, förmodligen med koordinater som fastställdes för Trenzalore 300 år tidigare än det faktiskt kom fram. Med en oplannad passagerare på utsidan var beräkningarna för att komma till rätt ställe och tid något avstängd, och det kom då på fel tid (300 år sent).
CLARA: I was in space.
DOCTOR: Well, you were in the Time Vortex. She must have extended the force field. No wonder. No wonder she's late, dragging you around.
Hur definierar du till och med "hastighet" i Time Vortex? Att vara "sen" när du reser genom tiden gör så mycket mening som att visualisera tidsresor med hjälp av en bild av en fysisk virvel.
Vi ser samma effekt när Jack Harkness häver en hiss på utsidan av TARDIS i serie 3 avsnitt Utopia . I det här fallet orsakar hans oväntade ankomst TARDIS att flytta sig långt väg i framtiden, till universums sista ände.