Enligt memorandumartikeln du länkade till:
A complex arrangement was established, in which a Starfleet officer would have overall authority in running the station, while the station remained sovereign Bajoran territory.
Eftersom Starfleet har övergripande myndighet över att köra stationen är det inte förvånande att Starfleet skulle referera till det med sitt eget namn. Det känns förmodligen också för Bajoranerna, eftersom Bajor verkar kämpa för att foder sitt eget folk under showens tidslinje, än mindre, bidrar mycket förutom att man kör en rymdstation. Eftersom det är Federation-run, är det meningsfullt att referera till det av ett federationsnamn.
Tänk på att de namnen finns i behållarens mun (som det var), särskilt i DS9. Till exempel diskuteras flera gånger i showen att vad Starfleet kallar "ormhålet", Bajorans kallar "Celestial Temple".
Som publik ser vi främst DS9 ur Starfleet perspektiv; Vi ser alltså att alla kallar Deep Space Nine. Det kan väl vara så att många Bajoraner fortfarande kallar stationen "Terok Nor", eller något annat (även om jag inte tror att det finns några exempel på detta under showen).