Neo behövde inte slåss om agenterna efter att han var övertygad om att han var den. Innan han träffade arkitekten trodde han att den ena i grunden skulle använda sina förmågor för att hjälpa zionregeringarna "fria" fler människor från matrisen och så småningom förstöra den. (Att hjälpa sina medborgare Zion rebeller är därför att han kämpade de uppgraderade agenterna i början av Matrix Reloaded - han hjälpte dem att fly från matrisen efter
Krismöte genom att fördröja agenterna.) Efter sitt möte med arkitekten insåg han att
the One was never meant to end anything...it was all another system of control.
transcript for The Matrix Reloaded
Med hjälp av Oracle kom Neo att inse att han behövde på något sätt besegra Smith för att avsluta kriget och rädda mänskligheten:
Oracle: Everything that has a beginning has an end. I see the end coming. I see the darkness spreading. I see death. And you are all that stands in his way.
Neo: Smith.
Oracle: nods Very soon he’s going to have the power to destroy this world, but I believe he won’t stop there; he can’t. He won’t stop until there’s nothing left at all.
Neo: What is he?
Oracle: He is you. Your opposite, your negative, the result of the equation trying to balance itself out.
Neo: What if I can’t stop him?
Oracle: One way or another, Neo, this war is going to end. Tonight, the future of both worlds will be in your hands… or in his.
transcript for The Matrix Revolutions
Det är uppenbart att Neo måste kämpa och besegra Smith för att avsluta kriget och rädda mänskligheten både i matrisen och i den verkliga världen (Neo måste fysiskt slåss Bane-Smith i den verkliga värld för att rädda sin fysiska kropp). Med denna uppfattning gjorde Neo en överenskommelse med Deus Ex Machina, där maskinerna skulle hedra en vapenstyrka med Zion om Neo lyckades besegra Smith (som hotade inte bara människorna utan maskinerna):
Neo: The program Smith has grown beyond your control. Soon he will spread through this city, as he spread through the Matrix. You cannot stop him. But I can.
Deus Ex Machina: We don't need you! We need nothing!
Neo: If that's true, then I've made a mistake, and you should kill me now.
Deus Ex Machina: What do you want?
Neo: Peace.
transcript for The Matrix Revolutions
Neo lyckades förstöra Smith genom att offra sig , vilket på ett sätt betyder att han inte behövde fysiskt slåss Smith i slutändan - han var tvungen att göra valet att bekämpa Smith med sin vilja.