På grund av sitt eget "möte" med Palpatine visste Yoda precis hur stark i kraft han var. För Vader visste han åtminstone vad Anakin kunde göra (och förmodligen också att han var mycket minskad från vad han kunde ha varit).
Om vi tar allt vi vet från prequelsna och även Lucas egna uttalanden beaktar Anakin .... fullt utbildad som en jedi ridder och utan hans skador skulle ha varit starkare än kejsaren (nu var han bara 75% av vad kejsaren kunde vara).
Med hänsyn till Yodas uttalande att Luke som hade samma potential som Anakin ... fullt utbildad borde kunna slå kejsaren.
Men mer är att Luke inte hade nackdelarna med Jedi (som tränas på fel sätt .... aka blir för stolthet och även hans förmågor minskade på grund av att han var hela tiden strax över en konvergens av den mörka sidan som jedi-templet). Så det fungerar också i Lukes fördel där.
Och så finns det en annan punkt som Yoda har lärt sig och som talar där
with the force as his ally
Det var något Yoda lärt sig på den svåra vägen också. Det måste vara viljan av den kraft som Luke vinner. Och av det var han säker på att han hade lärt sig att lyssna på kraften (han förlorade sin stolthet och förstod den sanna naturen i saker i episod 3 och lärde sig också att lyssna på att tvinga spöken själv och hur man blir en med kraften, .. .). Således såg Yoda tydligt nu mer än någonsin vad kraften verkligen ville (även om han fortfarande inte förstod hur det ville ha saker att hända .... till exempel att det var Vader i slutändan och inte Luke som förstörde kejsaren).
Så överhuvudtaget hade han rätt och ljög inte ... åtminstone när det gäller Luke. Om han hade sagt det till någon annan Jedi (med mindre antal Midiklorer) hade han ljugit.