Det förefaller vara två huvudorsaker till varför detta var fallet.
Låt mig, Ned
Ned är en hedervärd man och han lovade Lyanna att han inte skulle berätta för någon.
Lyanna Stark: You have to protect him. Promise me, Ned.
Game of Thrones, Season 7 Episode 7, "The Dragon and the Wolf"
Targaryen Threat
När vi fick reda på Jons sanna föräldrar upptäckte vi också en annan liten hemlighet att Jon verkligen var ett legitimt barn av Rhaegar Targaryn och Lyanna Stark. Som sådan är han faktiskt en Targaryen.
Bran Stark: Jon isn't really my father's son. He's the son of Rhaegar Targaryen and my aunt, Lyanna Stark.
...
Bran Stark: He's never been a bastard. He's the heir to the Iron Throne. He needs to know. Game of Thrones, Season 7 Episode 7, "The Dragon and the Wolf"
Därför bad Lyanna Ned för att skydda barnet, om Robert hade upptäckt att han skulle ha dödat honom.
Lyanna Stark: Please. Listen to me, Ned. If Robert finds out, he’ll kill him, you know he will. You have to protect him. Promise me, Ned. Promise me. Promise me, Ned. Promise me.
Game of Thrones, Season 6 Episode 10, "The Winds of Winter"
Det är av samma anledning som han ville ha Dany död.
Robert Baratheon: The whore is pregnant.
Eddard Stark: You're speaking of murdering a child.
Robert Baratheon: I warned you this would happen. Back in the North, I warned you, but you didn't care to hear. Well, hear it now. I want 'em dead, mother and child both. And that fool, Viserys as well. Is that plain enough for you? I want them both dead.
Game of Thrones, Season 1 Episode 5, "The Wolf and the Lion"