Som andra har sagt, kan bristen på solljus på ytan (såväl som hur lätt maskinerna kan attackera ovanstående mänskliga bosättningar, vilket är varför Zion är underjordiskt i första hand) reglera något naturligt ovanför jordbruksmarker. När det gäller varför inga synliga gårdar lyser konstgjorda i Zion är rymdbegränsningar sannolik anledning. Jordbruk av vete, morötter, lök, etc. på den skala som krävs för att mata en stor befolkning kräver en hel del utrymme och vatten.
Trots svårigheten att hålla en självbärande gård i Zions begränsade utrymme, med sina begränsade resurser, misstänker jag att de har någon sort av grödor. Den mest sannolika kandidaten skulle vara hydroponics odlade grödor, eftersom de inte skulle kräva bärbar jord (de flesta jordbotten på jorden har sannolikt blivit korrumperade av maskinerna, till följd av den massiva föroreningen som deras civilisation i övrigt skulle släppa ut, vilket de inte skulle ha motivation att begränsa), och skulle inte heller kräva växtrotation (vilket skulle vara svårt med Zions rymdbegränsningar). Det är troligt att deras urval av grödor att växa är begränsat men jag tvivlar på att när mänskligheten flydde från jordens yta, kunde den ta med sig en stor mängd frön från alla typer av växtskörd (trots vilken regeringens ansträngning ledde till starten av Sion förmodligen planerade leveranser av växtfrön också).
Oavsett hur Zion växer i teorin, är det mycket osannolikt att Zion bara äter "single celled protein i kombination med syntetiska aminos, vitaminer och mineraler" gröt, som jag påpekar att även om aminosyrorna , vitaminer och mineraler sägs vara syntetiska, det betyder inte att de visas magiskt ut ur en maskin utan källa. Om de inte bokstavligen har teknik som tar råa element (koppar, väte, kol, etc) själva och bildar dem i större biologiska komponenter (något som jag inte har hört talas om att vara genomförbart även idag, och om det är så skulle det absolut vara fruktansvärt ineffektivt), är det troligt att de extraheras från livsmedelsprodukter.
Det är lättare att specifikt svara varför besättningen av Nebukadnezzar och andra mänskliga skepp var tvungna att äta "skålen av snot". Där det är utmanande att producera en hållbar bondgård i Zion själv är det ännu mer i fartygets begränsade utrymme, som inte heller har tillgång till stora, återfyllbara vattenkällor. I själva verket har NASA experimenterat med självhäftande hydroponics på det shuttles, men de är inte nära att vara primära matkällor, och är mer en nyhet att studera just nu. Även om Nebukadnezzar skulle kunna hyra en hydroponics bay som är tillräckligt stor för att föra besättningen för resor som kan vara veckor till månader långa, skulle det vara mycket sårbart för störningar. Tänk på hur ofta Nebukadnezzar är tvungen att sluta och stänga av all kraft i flera timmar (och möjligen några dagar i det sällsynta tillfället att det finns en uppbyggnad av dronor i området). Under den tiden skulle vattenluftarna inte syresätta vattnet eller temperaturen skulle bibehållas vid den nivå som krävs för växterna. Och även om de på något sätt hade en mer robust hydroponikteknik, så kom det om att den verkliga möjligheten att Nebukadnezzar blev kluven av sin egen EMP, eller till och med ett enkelt fel, inträffade? Den hydroponics bay skulle definitivt misslyckas inom några dagar (och kylning av några grödor skulle misslyckas).
Att hålla en koloni av enkla encelliga organismer är som en idealisk ersättning för grödor på fartyg. En sådan koloni skulle bara kräva att temperaturen inte orsakar extrema fluktuationer, att vattennivåerna hålls konstanta och beroende på organismen, att sockret eller stärkelsen (eller till och med alkohol, vissa arter av jäst kan metabolisera alkohol under mindre idealiska förhållanden) regelbundet försedd. Tillit till el skulle vara minimal för ingen alls. Intressant är att "snot" som produceras på Nebukadnezzar är bevis på att människor har grödor någonstans (i Zion), eftersom deras ensamcellade koloni fortfarande kräver mat från någon källa. Detta indikerar att de eventuellt växer betor eller sockerrör eller någon bra källa till socker eller stärkelse, som antingen skulle behövas för att stödja "snotkolonierna" på fartyg.