Från transkription :
DATA: Population ...approximately nine billion. ...All Borg!
TROI: How?
PICARD: They must have done it in the past. ...They went back and assimilated Earth. ...Changed history.
CRUSHER: Then if they changed history why are we still here?
DATA: The temporal wake must somehow have protected us from the changes in the time-line.
Jag skulle vilja tillägga att det finns en annan omständighet att ett fartyg skyddas mot ändringar i tidslinjen: Voyager hade en gång skydd mot det från tidslinjen i Double-episode Year of Hell. Detta är lite annorlunda eftersom kölvattnet isolerar företaget från förändringar i sitt eget förflutna, men idén är i grunden densamma. Visst verkar vaken som en slags temporär sköld.
Addendum: OP har bett om mer information om hur kölvattnet skulle skydda dem. Det finns ingen in-universförklaring, så vitt jag vet, så vi är kvar med små bitar av information som vi kan cobble tillsammans med antagande. I första kontakten får vi veta följande:
DATA: Sensors show chronometric particles emanating from the sphere.
PICARD: They're creating a temporal vortex.
Så vi kan säkert anta att kölvattnet består av "kronometriska partiklar". Jag antar att det här är en annan term för kroniker, som har visat sig ha temporära egenskaper, eftersom Voyagers tidsmässiga sköld, som nämnts, liknar kölvattnet i hur det skyddar dem mot förändringar i tidslinjen, använder kronor. Jag använder den termen eftersom den är kortare. Låt oss säga att kölvattnet består av kronor. Vi har sett i andra ST-kanon att chronitons, när det finns tillräckligt med dem på ett ställe, kan väsentligen lossna ett skepp från sin position i tid och orsaka tidsresor (det hände med Defiant vid en tidpunkt, IIRC, eftersom de " re genereras av Romulan cloaking enheter).
Jag föreslår att det här är vad som hände - att fartyget var väsentligen delvis utanför tid, som kunde interagera med saker men inte påverkas av förändringar i tidslinjen. Denna nästa bit är helt oanställd antagande. Kanske finns det något slags spår i en högre dimension mellan Enterprise och det är förflutet, en som blir avskuren på grund av någon okänd egenskap som är inneboende för kronor. En störning av sorter. Detta kan förklara varför de kan interagera men inte påverkas av tidsmässiga ändringar.
Saken med allt detta är det, som OP har sagt, även Data vet inte riktigt. Faktum är att federationen vetenskap vet lite om temporal mekanik. De kan bara observera effekterna av vissa åtgärder, men de är långt ifrån att förklara dem på något meningsfullt sätt.