Jag är inte bekant med Star Wars-kanonen utanför filmerna, så jag svarar med det som en grund.
För det första hade Sith förmågan att dölja sig från Jedi. Ingen visste om Darth Sidious och han hängde ständigt runt med Jedi.
Sith visste också att de var mer sårbara än Jedi (som du sa att det bara fanns 2). Detta lägger dem strategiskt i ett mer osäkert läge.
Det var därför de bara avslöjade sig när de nästan var garanterade att segra.
I episod 1 angriper Darth Maul bara högst 2 Jedi i taget (Qui-Gon och Obi-Wan), och han besegrade nästan dem båda på egen hand.
I episod 2 avslöjar Grev Dooku bara sig till Obi-Wan när han har fängslats och visar sig endast offentligt när han omges av en armé av droider och geonoser. Visst blev han nästan dödad av Obi-Wan, Anakin och Yoda, men så snart Jedi kom på Geonosis med klonhärden försökte han fly.
I episod 3 är Dooku återigen omgiven av en armé. Men han råkar dödas av Anakin. Den enda gången Darth Sidious är i fara är när Mace Windu uppträder med 3 andra Jedi oväntat. Om hans plan hade fungerat skulle Yoda och Obi-Wan aldrig ha överlevt, så han avslöjade sig bara frivilligt när han hade överkanten.
Episoder 4-6, Vader och Sidious är ganska mycket de enda som lämnas i galaxen som kan använda The Force, så det finns ingen kvar som hotar dem, särskilt då de ständigt är omgivna av sina egna personlig armé av stormtrupper.
Observera att när Dooku och Maul dog, berodde det på att Darth Sidious hade planerat ganska mycket. Vilket leder mig till det övergripande svaret på din fråga.
Eftersom Darth Sidious är alltför smart.
Han spelar senaten, Jedi, vikare och till och med hans egna lärlingar som marionetter i hela 6 filmer, för att bli kejsare i galaxen, samtidigt som de gömmer sig i tydlig syn.
Den enda anledningen till att han blir dödad i Episod 6 är att hans egen lärling förvirrar honom. Observera att före den tiden var han i nästan ingen fara. Om han inte hade varit så avsikt att få en mer kraftfull lärling och bara hade dödat Luke, skulle riket säkert ha vunnit.