Du verkar sakna det grundläggande syftet med den zioniska upproret. Inom själva systemet fungerar Zion som en "honeypot" . Möjligheten att mata in matrisen och förmågan att ladda upp och ladda ner data till och från själva Matrixen (inklusive pistoler och vapen) måste vara en del av det system som maskinerna har tillåtet att inträffa , förmodligen för att hålla mänskliga missförhållanden lyckliga och förlovade tills det är dags att döda dem alla och starta om systemet med en ny kadre av rebeller.
När det gäller varför gör de inte så att endast agenter kan få pistoler, behandlas detta i den första filmen. Matrisvärlden är baserad på fysiska regler som gäller lika för alla parter. Pistoler fungerar eftersom reglerna tillåter dem att arbeta.
Morpheus: I’ve seen an agent punch through a concrete wall. Men have emptied entire clips at them and hit nothing but air. Yet their strength and their speed are still based in a world that is built on rules. Because of that, they will never be as strong or as fast as you can be.