Det största problemet som står inför bästa hjärnor (som under det mesta av den aktuella perioden betydde i grunden producent Jim Mallon) ansträngningar för att få hela biblioteket av MST3K-episoder släppt är rättigheterna till filmerna. För de tidigaste episoderna fick showens beslutsfattare ibland bara rätten att använda filmerna för den ursprungliga körningen; senare, med mer erfarenhet, fick de vanligtvis rätten att använda filmerna som de riffade på för första gången, och så småningom i syndikering. De rättigheter som de erhållit innehöll dock inte typiska rättigheter för att släppa filmerna på VHS eller DVD. Så för att kunna få en DVD-film från en film, måste de bästa hjärnorna gå tillbaka till den som ägde upphovsrätten till originalfilmerna (och ibland hade filmen ändrats sedan MST3K-episoderna hade gjorts) och förhandla om ett kontrakt som skulle tillåta Bästa hjärnor för att släppa filmerna, med riffing, på DVD.
Detta innebar att det fanns ett komplicerat samspel av faktorer när man bestämde vilka episoder som skulle släppas. Självklart måste det vara möjligt att få rättigheterna. Och ibland var dessa rättigheter föremål för sekundära hinder. vissa rättighetsinnehavare ville ha en DVD-release för att inkludera den ursprungliga versionen av en film, liksom den MST3K-riffade versionen. (Den här typen av saker hände faktiskt också under showens ursprungliga körning. Skaparna av Quest of the Delta Knights insisterade på att filmen skulle visas som en vanlig funktion på Sci-Fi-kanalen innan MST3K-versionen var premiär.) Det var också frågan att Best Brains vanligtvis ville frigöra de roligaste episoderna. Riffing i många av episoderna tidigare säsong är inte lika bra som i senare utspelning. Det var också meningsskiljaktigheter mellan Best Brains och de kasta medlemmarna som hade lämnat för att arbeta med andra projekt (särskilt Mike Nelson, Kevin Murphy och Bill Corbett, som arbetade första gången för Film Crew , sedan RiffTrax ) över vilken vilken grupp av riffers skulle få rättigheterna till särskilda filmer.