Eftersom Smiths natur var att han var ett virus och förstörde systemet långsamt från insidan. Han hade vuxit över sin kontroll. Hade han gått ut, skulle han ha spridit sig till den allmänna befolkningen i maskiner och de skulle alla ha blivit förstörda. Så det var inte riktigt i deras bästa i det scenariot att tillåta Smith att ta över allting.
Vad de skulle behöva är ett virus som inte är sentient, men fortfarande i stånd att undertrycka varje människas sinne anslutna till matrisen, så att kroppen lever vidare och producerar energi för att skörda. Om en sådan sak är möjlig, är jag säker på att maskinerna arbetade flitigt för att uppnå det.
När det sägs är dessa filmer absolut inte en fråga om vetenskaplig logik eller noggrannhet. Om maskinerna gjorde alla saker som gav mening, skulle det inte finnas några människor kvar och de skulle alla bara använda fusionsreaktorerna för kraft.