Jag tror att du svarade på din egen fråga. Det är precis där i citatet:
Han kände inte , han gissade .
Maria Hill var en otroligt högst rankad SHIELD-agent för det mesta som Tony har känt henne. (I källkatalogerna blir hon befordrad till direktören på en punkt). Hon är i huvudsak Nick Furys högra man. Hon kom bara till jobbet för Stark eftersom raseri var "död" och SHIELD blev upplöst.
Tony är inte en idiot - han är faktiskt ett av de smartaste människorna på planeten. När Fury plötsligt återkommer i Tonys liv, förstår han själv omedelbart att Furys före detta andra kommando visste att han levde och var i kontakt med honom.
Att han gissade rätt visar bara hur smart han är.