Charles ignorerade inte precis Eric. Spoilers större än de i frågan nedan.
När Charles sökte Eric telepatiskt såg han i hans sinne och kände sorgen och smärtan i honom. Jag skulle tro att Charles tolererade det faktum att Eric mördade dessa män, även om han inte godkände det - han visste trots allt att Eric bara var mänsklig och vad som gjort kan inte ångras. Det är inte något som Charles tänkte debattera och fortsätta längre, inte när han också kunde känna hur Erics elände och förtvivlan börjar sätta tillbaka honom på den väg som han en gång gick som Magneto. Charles ignorerade inte Eric här, han försökte avskräcka honom men till nytta.
Nästa gång Charles kunde interagera med Eric, hade han fångats av Apocalypse. Charles kunde inte hantera apokalypsen för tillfället och vände sig till Eric och försökte avskräcka honom från den här vägen igen, fortfarande utan framgång. Därefter separerades de, med apokalypsen som bar Charles bort medan Magneto satte sin uppgift att börja riva världen undan.
När Charles blev befriad (men inte innan han förlorade sitt hår över den pågående krisen), kunde han inte längre ha råd att ta itu med Eric. Han insåg nu att den nederlagande apokalypsen måste ha absolut prioritet över allt annat - slangens huvud måste först och främst avskuras. Först efter har han råd att vända sig och hantera Magneto, om sistnämnden fortfarande kvar i sin kurs för att förstöra all muggle-kind vid den tidpunkten.