Det är sant att vår personlighet i stort sett formas av våra erfarenheter, men det är inte detsamma som att dina minnen är din personlighet. Så bara för att någon har all din kunskap eller ens dina minnen betyder inte att de kommer att tänka och uppträda precis som dig.
Ett enkelt exempel på detta är din tidigare själv. Ditt 16-åriga jag hade nästan alla de minnen som ditt 6-åriga jag hade, men bete sig du exakt samma vid 16 års ålder som du gjorde när du var 6? Vad sägs om nu? Har du exakt samma önskningar / värderingar / perspektiv nu som du gjorde när du var 16? Om inte, kan det tydligt att någon har samma minnen och till och med behåller alla ytliga personlighetsdrag (språkmönster, sättmönster, favoritmat etc.), men uppträder fortfarande annorlunda på mer grundläggande sätt.
Ett annat exempel på detta är beta-blockerande läkemedel som används för att behandla PTSD. Betablockerare raderar inte minnen av trauma, men när de används vid återkallande av traumatiska minnen kan de dölja de känslomässiga föreningarna du har med händelsen, ändra hur du uppfattar dessa minnen i framtiden och därmed förändra hur ditt beteende påverkas av samma minnen.
Så jag ser ingen anledning till varför John Connor-replikanten inte kan ha alla John Connors kunskaper och minnen och kunna agera som John Connor, men har fortfarande sin trohet över från Resistance to Skynet.
På samma sätt kunde de bara ha skannat Connors hjärna för sin kunskap / minnen medan maskinfasens materia åt och ersatte hans kropp och dödade honom effektivt samtidigt som han skapade en T-3000 som såg ut som han och kunde bete sig som honom med hjälp av skannade minnen men var fortfarande programmerad att fungera för Skynet.