I webisoden Doktorandens natt träffas piloten Cass som är extremt rädd (eller kanske arg på) Doktorn en gång hon inser att han är en timelord (bonuspoäng om du kan berätta för mig hur hon inser att telefonlådan är en Tardis eftersom de flesta Tardises har en fungerande kameleon-krets).
Varför frukter hon Time Lords? Inser hon inte att de slår Daleks som är mycket värre!?
För din sekundära fråga kan du se att Cass inte insett att det är en TARDIS tills doktorn nämnde att den är större på insidan - ett talande tecken du har att göra med Time Lord-tekniken. Det var det som tippade henne bort.
Vad gäller din huvudfråga gör Casss reaktion helt klart att vid den tiden i kriget hade båda sidorna begått sådana grusomheter att någon moralisk skillnad var ganska suddig, särskilt från utsidan. Vid slutet av tidskriget var Rassilon, ledare för Time Lords, villig att förstöra tiden själv och hela universum för att säkerställa Time Lords överlevnad.
Den gamla serien, där Time Lords fortfarande upprepades, gjorde det klart att de inte är särskilt trevliga människor, som helhet. Många av dem är hänsynslösa, amorala eller orättvisa, och deras diktum förbjuder att störa andra arter och deras tidslinje var där för det mesta att skydda dessa arter från Time Lord medverkande, inte nödvändigtvis från något Prime-direktiv, som tvingande att låta tiden ta sin naturliga kurs.
Läs andra frågor om taggar plot-explanation doctor-who Kärlek och kompatibilitet Skor Gear 12 Stjärntecken Grunderna