Inte tillväxt inuti
Som du påpekar är det högst osannolikt att dessa fläckar är redan i melonen när du skär den av ett antal anledningar: 1) det finns ingen sår i den frukt som föroreningen kan ha introducerats i och 2) Det verkar som om du bara hittar dem på den snittiga ytan, och oddsen att skära frukten exakt var dessa få och små bitar råkar vara fattiga.
Tyvärr, efter att ha avgjort denna möjlighet, är det svårt att veta var annat i din miljö kan dessa bitar komma ifrån. Kniven är den bästa möjligheten, som du gissade, så är din arbetsyta eller dina händer, eller det kan vara små bitar av aska från luften om du har en vedeldad eldstad, etc.