Två saker.
Vem dödades?
Skumkärlet som dödades på Mustafar var inte bara handelsförbundet - de var militären och ekonomiska ledare för Confederacy of Independent Systems, separatisterna. Det innefattade handelsförbundets ledare, men också medlemmar i Corporate Alliance, handelsgillet, bankklanen, samt senatorer från olika planeter och arter.Gruppen som helhet var separatistrådet; Det fanns också en separatistiska senat / parlamentet för lagstiftningsfrågor. De var inte närvarande på Mustafar.
Varför dödades de?
De visste om honom. De visste om sina machinations, de visste att han var en Sith, de visste att han var bakom Clone Wars hela tiden.
Weren't they making money for him
Han bryr sig inte om pengarna. Pengar var deras bekymmer, inte hans - till Sidious, pengar var aldrig mer än ett verktyg han kunde använda för att få mer makt. När han hade all makt, behövde han inte Seps längre.
and also fighting his enemies?
Nej, de kämpade Republiken . Sidious fiender var Jedi; Med Jedi gått hade klonkrigen tjänat sitt syfte och behövdes inte längre. Vid denna tidpunkt kunde separatisterna stängas av och vikas tillbaka i republikens vände-imperium. Detta skulle vara enklare, naturligtvis, om det separatistiska ledarskapet var dött.