Qui-Gons kropp försvann inte för att Jedi vid den tiden inte kände till färdigheten för att vara den med kraft (Om du tar med Legends , skickligheten förlorades).
Senare i episod 3 lärde Qui-Gons kraftspök / uppdaga den färdigheten och berättade det för Yoda. Yoda lärde det till Obi-Wan. Det var därför som båda kunde försvunna vid tiden för deras död (du bör notera att Obi-Wans kropp försvann innan Vaderens lampa rörde kroppen).