Precis som du sa i din fråga:
When a creature other than you comes within 5 feet of a Sphere, the Sphere discharges lightning at that creature and disappears.
Så snart bollen påverkar en varelse är den borta. Så det spelar ingen roll om det skulle påverka en varelse flera gånger om du flyttat den fram och tillbaka, eftersom den första gången den påverkar ett varelse är sista gången det kommer att påverka någonting.