Jag skulle relatera detta till en liknande situation i ett annat universum.
När Galactica träffade Pegasus i den nya serien får Admiral Cain kommandot på flottan i stort, men Adama höll kommandot på sitt rymdskepp. Alla beställningar från Kain gick igenom honom och gavs till hans besättning av honom, även om han inte var i stånd att göra något annat än att lyda ordern.
Kain som Admiral kunde fortfarande inte ta bort Adama från Galactica, det var därför hon försökte assassinera honom, med hjälp av de personer som var lojala mot henne som överfördes till Galactica till följd av hennes order.
När Pegasus förstördes och hela besättningen flyttades till Galactica fanns det ingen anledning till konflikt, eftersom Adama / Apollo (Leland Adama) var lägre än Adama / Husker (William Adama), men Om situationen skulle ha blivit omvänd, med Galactica förstört och Pegasus överlevande, skulle Leland Adama fortfarande vara befälhavare på Pegasus, och William Adama skulle ha varit Admiral utan fartyg. Det är troligt att Apollo i så fall skulle ha avgått, men det är ifrån varandra.
Så, Janeway skulle behålla kommandot av Voyager, i vilket fall som helst, men hon måste kanske lyda order från sina överordnade.