Det här är tillräckligt med ett kantfall som du inte kommer att finna svar på skriftligt, men det borde vara bra , bara avslöja ditt andra medborgarskap rättvist när du ansöker om den nya ETA.
Jag har personligen varit i samma situation med två samtidiga amerikanska ESTA i olika pass, och det var bra. (Tydlig försorg: USA är inte Kanada.)