Ja, han talar om Indigo som den mörka. Han hänvisar tydligt till sin hudfärg & hår. Räkningen verkar ha hat för spanjorerna. Det är inte en sträcka att säga att Rugen har en luft av överlägsenhet om honom (säkert mycket att göra med sin ställning i kungariket?) Imho, den "mörka en" kommentaren användes inte bara som en beskrivande term, utan också på ett nedsättande sätt .
Också orsaken till att Rugen vill "behålla den tredje som ifrågasätter" är givetvis att forskaren i honom vill veta hur Wesley eventuellt skulle kunna leva, särskilt efter att ha sett honom dö sönder i The Machine !? Det måste registreras för eftertiden;)