Visumet är i alla fall giltigt, det finns inget som uttryckligen utesluter att göra vad du gjorde. Om de tyska gränsvakterna frågar dig om det, måste du bara förklara att du var i transit.
Om de är misstänkta kan det hända att du har någon dokumentation för din resa till Spanien (ombordstigning från föregående flygning om du fortfarande har dem eller något annat som visar att du har varit i Spanien). Ingångs- / utgångsfrimärken är inte det enda du kan använda för att bevisa att du använde viseringen som avsedd.