Du bör ansöka om Schengenvisum via det land där din längsta vistelse kommer att vara, och om du planerar att stanna på samma tid i flera länder ska du söka via det land som är din ankomsthamn.
I ditt fall borde du söka via Nederländerna.
Because I have a layover in Amsterdam, does that count as my port of entry?
Om du flyger från Amsterdam till ett annat Schengenland, så ja det räknas som din ankomsthamn i Schengenområdet. Om du flyger från Amsterdam via ett icke-Schengenland, skulle det inte räknas som din hamn i Schengenområdet.