Det enkla svaret är att Docen såg Marty och Biff gå in i tunneln, med Marty som hängde på sidan av Biffs bil. Han flög sedan över toppen av berget för att sitta i andra änden.
När han inte såg dem komma ut, antog han med rätta att Marty måste ha släppt Biffs bil och skulle bli jagad av Biff tillbaka som han kom .
Från filmens officiella novellering ;
So where was Marty?
Doc had kept the DeLorean hovering over the exit to the tunnel for the last minute, expecting Biff’s car to show up at any second. But there was no sign of Biff, and no sign of Marty - no sign of anything, really, except a big old truck carrying fertilizer that had gone into the tunnel beneath him.
Gone into the tunnel?
Oh no, Doc Brown thought, Marty didn’t have to come out this way at all.
He raised the DeLorean quickly. He only hoped he wasn’t too late to rectify his error.