Eftersom du inte behöver komma in i Schengenområdet under din layovers (du kan enkelt stanna inom de internationella transitzonerna i München och Frankfurt-flygplatserna), skulle du inte ha en sammanhängande förutsättning för att ansöka om en Schengenvisum och sådan en ansökan skulle med stor sannolikhet vägras.
Du bör ansöka om en kroatisk visum direkt från Kroatien.