Den länkade JR-kartan i frågan är en av de enklare delarna av stationen att navigera, enligt min mening. Jag har "re-orienterad" i de underjordiska områdena mer gånger än jag bryr mig att erkänna, och det är ibland lättast att bara gå utanför, hitta ett landmärke och gå i den riktningen.
Det finns en karta över alla plattformar (JR, Keio, Odakyu, Toei och Metro) här men jag vet inte om någon omfattande karta över de icke-plattformsområdena.
Jag hittade bara en bra uppsättning underjordiska kartor på Yahoo Japan. De är alla på japanska. "Subnade" är den tredje kartan på den sidan, medan andra områden under Shinjuku finns i kartor 4-7.