Jag läste denna historia som en del av en antologi någon gång i början av 90-talet. Huvudpersonen överlever ett kärnvapenkrig, men när han kommer ut från bombskyddet "strålas han" upp till ett mystiskt organiskt rymdskepp tillsammans med andra överlevande från jorden. Jag kan inte riktigt komma ihåg några andra detaljer än huvudpersonens hustru begått självmord så snart som de kom ut ur skyddet.
Detta är mycket preliminärt, men Megan Lindholm, även känd som Robin Hobb skrev flera stories med kända fartyg. I den nya Alien Earth (1992) är ett känt rymdskepp En av huvudpersonerna, och en annan huvudperson är en jordman som togs bort jorden (tillsammans med andra) när jorden långsamt succumbed till ekologisk katastrof. Det här är förmodligen inte den bok du kommer ihåg, eftersom den togs bort jorden är en del av backstoryen, inte huvudhistorien, och det fanns inget kärnvapenskrig, men författaren använde det sentienta skeppet i andra historier (Liveship Traders trilogi). Så kanske berättelsen du kommer ihåg är en av hennes noveller (som jag inte har läst) .
Det här är nog inte det, men vissa aspekter av din beskrivning låter som Farnhams Freehold av Robert Heinlein . Jag nämner bara det eftersom det inte har varit några andra svar så länge.
Läs andra frågor om taggar story-identification Kärlek och kompatibilitet Skor Gear 12 Stjärntecken Grunderna