tl; dr: De kände inte om kriget förrän efter 1985, eftersom Bell är den som skapade kriget i första hand. Innan det gjorde de bara en okonventionell drogförsök.
Eftersom det mesta av detta berättas i flashbackar är tidslinjen en men fuzzy, men Bell och biskop förbereder inte barnen för "krig" före Zero Event. De började ursprungligen göra kliniska prövningar av Cortexpihan som en vanlig medicinsk läkemedel. Det var utformat för att hjälpa till att sakta eller stoppa den naturliga försämringen av hjärnan när vi åldrade, så försöken gjordes på barn. Men de märkte att några av barnen i sina studier började ha konstiga biverkningar, som t ex telepati.
Åtskilliga år senare, medan Cortexiphan-försöken fortfarande pågick i hemlighet (de slutade officiellt 1983 men fortsatte mycket längre) upptäckte Walter hemligheten att korsa mellan universum. Men han insåg genast att hans metod skadade barriären, så han var rädd att använda den igen, även för att sätta andra Peter tillbaka. I stället hoppades han att cortexiphan skulle producera ett barn som skulle kunna korsa över säkert och skicka Peter tillbaka på det sättet. Även om han lyckades föra den förmågan ut i Olivia, var det okontrollerat, och Peter började acceptera sin nya verklighet som hemma, så Walter övergav den tanken.
Vid denna tidpunkt hade William Bell sina egna idéer. Medan de studerade existensen de andra universum och effekterna av Cortexiphan på personer som Olivia hade Walter funnit att det skulle vara möjligt att förstöra båda universerna och använda den resulterande energin för att sparka av en ny, kontrollerad Big Bang. Det skulle göra det möjligt för honom att kontrollera allt om det nya universum och att bli Guds. (Förresten är det som skämtade Walter så mycket att han hade sin hjärna klippt ut).
Medan Walter snabbt avvisade den här tanken gjorde Bell inte det. I stället formulerade han sin egen huvudplan. Han bestämde sig för att avsiktligt börja ett krig mellan de två universum. Han skrev ZFT-manifestet (på skrivmaskinen Walter skulle senare förvärva från honom - med wonky "y"), som beskrev kollisionen av de två universum och som bara skulle överleva, vetande att det skulle driva några ZFT-anhängare för att förbereda sig för slåss mot andra sidan. Han började också använda Cortexiphan-försöken för att ta fram talanger som passar till soldater.
Men Bells förutsättning att bara ett univers kunde överleva en sammanfogning var i princip inte sant. Han ville bara uppmuntra båda sidor att starta ett krig, eftersom han ville att båda universum skulle förstöras. Han ville använda energin i de två universum och kraften hos Cortexiphan-barnen, för att hjälpa honom att skapa ett helt nytt universum, med sig själv som Gud.