I am asking this because I have been told on the phone by an official employee that "it is forbidden for one to enter the country while their residence permit application is being processed."
Turistvisum är under myndigheten Schengen Visa Code och det finns inget om omöjligheten att ange ett visst land medan ditt hemvistillstånd är pågående. Jag antar därför att den anställde i fråga helt enkelt missförstod din fråga och påpekade att ditt visum inte är giltigt förrän det har behandlats av Migrationsverket. Att resa på andra visum är en helt annan situation.
Will entering negatively impact the evaluation of my application?
Om du vill vara extra säker kommer din ansökan inte att påverkas, flyga helt enkelt till Sverige från en annan Schengenstat. Det finns för närvarande ingen centraliserad databas över inkomster och utgångar från Schengenområdet, så det finns inget (enkelt) sätt för svenska tjänstemän att ens veta att du var inom landet.