När företaget är på väg till Kronos faller det ut ur varp på grund av någon okänd läcka i kärnan. Först antas det att det är torpederna (som det inte var för att de inte ens var vapen), då föreslås det att Carol Marcus på något sätt var ansvarig (hon blev senare rensad).
Hur gick då felsökningen?
På hög nivå var admiral Marcus sabotören. Hur han hade sabotaget Enterprise förklaras inte i filmen, men Marcus och Section 31 har massor för att sabotera Enterprise.
Det kunde ha gjorts i förväg, installera en felaktig utrustning innan Enterprise lämnar, utforma den så att den skulle misslyckas efter att Enterprise hade varit i varp tillräckligt länge för att ha nått Klingon-utrymmet. Eller det kan finnas 31-aktörer ombord som saboterade fartyget vid det ögonblicket.
De inblandade aldrig Carol Marcus under filmen. Hon hade Spocks fulla förtroende, för att hon var Admiral dotter.
Kirk visste före någon annan att det var sabotage. När de håller på att återvinna varpkraft och Chekov säger "Jag tar fullt ansvar för misslyckandet". Kirk säger "Jag tror inte att det var ditt fel". Eller något sånt.Filmen säger specifikt att det var admiralen. Vi kunde anta att han hade någon göra det för honom, men hans namn används för att identifiera vem som gjorde det. Detta nämns två gånger under filmen. En gång vid Spock när han pratar med Kirk, och en gång av admiralen när han pratar ombord med Kirk.
Admiralens plan gick fel. Företaget var stöd för att skjuta torpederna först innan fartyget bröt ner stränder dem i Klingon-rymden. Eftersom det bröt ner först, tar Kirk en landningsfest för att fånga Khan. Kirk tänkte aldrig att elda torpederna ändå.
De försöker rapportera tillbaka till jorden att de fångade Khan vid liv, men de får aldrig ett svar. Uhura säger att någon blockerar signalen, då visas admiralen i sitt nya skepp för att förstöra Enterprise.
Admiralen antog att torpederna skulle starta ett krig, den strandsatta Enterprise skulle förstöras av Klingons täckning upp vad admiralen gjorde.
Läs andra frågor om taggar plot-explanation star-trek star-trek-into-darkness Kärlek och kompatibilitet Skor Gear 12 Stjärntecken Grunderna