Jag tycker att det här är en bra fråga, och jag har inget bra svar - bara spekulation (och jag har sett alla avsnitt av övernaturligt och kan inte hitta en bra förklaring till detta).
Det verkar som om demoner inte kan känna igen Sams brist på själ, eftersom bröderna har ett par möten med Crowley och han nämner aldrig det - vilket är ovanligt, för Crowley är inte sorts att hålla tyst om saker sådär. Han hade säkert försökt använda den informationen till sin fördel på något sätt.
Varelserna som kan känna det är, mer exakt, monster. Även gudinnan Veritas (S6E6) identifierade inte exakt att hans själ saknades, men insåg att det var något otroligt, när Sam blev opåverkad av hennes stavning. Så det verkar som änglar, demoner, gudar och gudinnor kan inte känna det direkt.
Kanske är änglarna upptagna med kriget i himlen att märka, och demonerna är ledare, eftersom Lucifer är låst i buret med Michael, kommer det inte att märka. Men monsteren är en helt annan ras som kan ha något att göra med saker du kommer att stöta på senare i säsongen, men jag tror inte att något uttryckligen sägs om varför monstrar kan känna sin saknade själ och de du förväntar dig att känner det inte kan.