Först och främst kan du inte "eliminera" magenetic "delen av ljuset". Det är inte hur fysiken fungerar. Du kan fråga på Physics.SE för utökad information. Med detta sagt är ljuset ett elektromagnetiskt fenomen och kan som sådan manipuleras av Magneto enligt canon:
He can also generate electromagnetic pulses of great strength and generate and manipulate electromagnetic energy down to photons. He can turn invisible by warping visible light around his body.[93] - via Wikipedia, with ukltimate source Vision and the Scarlet Witch #4 (February 1983)