Nej, Taipei flygplats har airside transit, så du behöver inte gå igenom tullen i Taiwan, förutsatt att du har en enda biljett.
Även för Bali får du ett gratis indonesiskt visum nu, så länge du lämnar Indonesien via Bali eller andra godkända flygplatser. Visum är gratis sedan mitten av mars 2016 ( som vanligt gjorde de dem lediga två dagar efter att jag kom in Indonesien: