Till att börja med är det viktigt att notera att Clu frågade av MCP / Sark i originalet är INTE det samma programmet som ses i Tron Legacy. Den ursprungliga Clu var som du säger - ett "scout" -program som är utformat för att hitta bevis inom ENCOM-systemet som Dillinger hade stulit Flynns idéer. Den versionen av CLU förstördes.
Efter händelserna i den första filmen skapade Flynn en mycket mer avancerad version av CLU för att hjälpa honom att bygga sin "perfekta" värld inom systemet. Denna CLU var ett kraftfullt AI-program som skulle hjälpa till att styra & fixa Tron-världen medan Flynn var borta. Tyvärr utvecklades CLU till den punkt där hans direktiv var öppna för sin egen tolkning. Hans ultimata motivation var emellertid fortfarande att uppfylla sin programmering - att "fixa" världen. Det är bara att hans To-Do List och Flynn var väldigt annorlunda vid den punkten.