Det är troligt att det här är lite dramatisk licens, men en möjlig förklaring är ganska bekväm:
"Piece of shrapnel tore up that nerve cluster my first tour. Had it moved."
Mal gör förklara varför en attack inte är effektiv: Operations paralytiska jab riktades mot ett nervklyftor som Mal hade flyttat under sin krigstidskarriär. Hur han kastar ut förklaringen är det tydligt att flytta ett nervkluster inte är en väldigt imponerande eller ovanlig procedur.
Nu är det aldrig uttryckligt sagt, men det är inte svårt att föreställa sig att det inte är den enda modifiering / sår som han upplevde under kriget. Även om man inte berörde de mer exakta scififörklaringarna (som genetiska behandlingar och ökad uthållighet) är det inte svårt att föreställa sig att soldater i ett framtida krig kan få olika droger eller behandlingar (antingen under träning eller som resultat av skada) som gör att dem hårdare än normalt. Helvete, vi kunde sträcka det ännu mer och säga att, eftersom Operatören använder Alliance tech, kan Mal ha haft ett särskilt motstånd mot den Alliance gun, från sin tid som Browncoat.
Det är definitivt spekulation, men med tanke på att Mal kommenterar en användbar medicinsk procedur i den här scenen är det inte så otroligt att han kanske hade haft andra, oavsett om det var avsiktligt (som vanligt förekommande läkemedel för Browncoats) eller tillfälligt (som att flytta en nervklyftan som råkade rädda sitt liv).