Trots all sin träning kände Yoda fortfarande något för Dooku
Filosofin om den gamla Jedi-ordningen (före Ordning 66) var icke-bifogad, släppt av sakerna, de som vänder sig till Mörksidan förblir där osv ... Yoda själv, som stormästare i orden, höll dem övertygelser och offentligt predikade dem många gånger till andra Jedi (inklusive Anakin, och mycket senare till hans son Luke).
Men det finns antyder att Yoda aldrig accepterade Dookus förräderi, särskilt inte på sådant avskilt och definitivt sätt. I slutliga episoder av Clone Wars (ja, sista innan Disney börjar förnya :)) Yoda möter två gånger Dooku under sina Force-visioner. I avsnitt Destiny Yoda har en vision om Jedi-templet i en alternativ tidslinje utan klon krig. Bland de andra Jedi finns Dooku, som agerar vänligt som ingenting har hänt mellan honom och Yoda. Yoda accepterar nästan denna vision, innan man finner styrka för att känna igen den som en illusion. Sedan i Destiny har Yoda en vision om honom och Anakin kämpar mot Dooku och Sidious. Anakin slår Dooku och fortsätter att hugga honom (på samma sätt som han gjorde senare i det verkliga livet). Yoda försöker stoppa honom, förgäves.
Båda dessa visioner visar att Yoda fortfarande hade några bilagor till Dooku trots hela Jedi-ortodoxin. Det var också en förmaning från hans sida att så länge Dooku bor, höll Sith fortfarande något tillbaka. Det var fortfarande en viss känsla av ära inom Dooku, och bara med sin död skulle sakerna äntligen försämras till en brytpunkt. Vi har inte en uttrycklig beskrivning av Yodas reaktion på Dookus död, men efter det var han väldigt upprörd av hotande hot som samlades över Jedi Order. Omedvetet ville Yoda noga ha Dooku tillbaka (första Force vision, spela på sina önskningar, visar det), bara han kunde inte offentligt erkänna det. När Dooku dog dog alla Yodas förhoppningar med honom, inklusive hoppet om att kriget kunde lösas fredligt.