Det är helt okej. Jag gör liknande saker hela tiden, även om de två passen jag håller är båda visumfria på de flesta platser jag besöker.
Den grekiska tjänstemannen bryr sig inte om du har ett frimärke från Turkiet i ditt pass. Hon eller han kommer bara att oroa sig för frimärken från Grekland och andra länder i Schengenområdet för att avgöra om du någonsin har överstiger din visum. Förutsatt att du inte har det kommer det inga problem.
Om den grekiska tjänsteman frågar om din resa till Turkiet, eller om du har iransk nationalitet, bör du självklart säga att du är en iransk medborgare, och om det verkar vill de ha dokumentation av det, visa ditt pass.
I allmänhet bör du frivilligt få så lite information som du behöver, men ge alltid information som de ber om.
Jag skulle vilja tillägga att jag en gång kom in i Turkiet med några bosniska / kanadensiska dubbla medborgare som inte hade sina bosniska pass. Turkiet är (eller var då) en av de få platser som bosnierna kan gå utan visum. Jag reser på ett amerikanskt pass och visumavgiften var något som USD 15 eller 20. Kanadensarna, som kom in på sitt kanadensiska pass, var tvungna att betala en avgift på $ 60 om jag minns rätt. Jag tror att de olika avgiftsbeloppen är baserade på de avgifter som turker måste betala för besök i landet i fråga.
Mina vänner beklagade att de inte hade tagit sitt bosniska pass Du kommer att spara en anständig summa genom att komma ihåg din iranska.