Kort svar: Ja.
Långt svar: Det finns en del utrymme som är upp till DM att bestämma. I grund och botten handlar det om huruvida vapens magiska effekt är diffunderad i den eller helt enkelt ett lager ovanpå. En Paladin's Smite, till exempel, gör inte vapnet magiskt trots magi som omger det.
Normalt är detta en onödig skillnad. Alla de magiska vapnen i DMG är som standard som standard, men en DM kan ändra den. Ett varningsvapen som var begåvat på en dator av en gud kan till exempel vara ett förtrollat vapen (och så räknas som ett magiskt vapen), eller det kan helt enkelt vara en förtrollning över vapnet.
Som en DM rekommenderar jag att läcka denna information ut till spelarna genom ett möte med en mindre fara (en lycanthrope som lätt kan brytas eller skickas med stavar eller något med endast motstånd). Eftersom spelets standard är att de magiskt inbäddade vapen som de har fått behandlas som magiska vapen, kan PC-serna mot en fiende immunisera dem utan varning för denna förändring ses som antagonistisk.