De skulle stanna två separata själar (om ormar faktiskt har själar).

Det är högst osannolikt att den mörka Herrens själsdel skulle ha sammanfogat sig fullständigt med Naginis själ (förutsatt att ormar har ens själar - det är aldrig sagt om djuren har själar). Att göra en Horcrux från en levande varelse betyder inte att de är kombinerade till ett varande med enhetliga tankar. Dumbledore säger att risken att göra ett djur till en Horcrux är att det litar på din själ i något som kan tänka och känna sig själv. Det betyder att vrida ett djur i en Horcrux tar inte någon av dessa förmågor bort från den - den behåller fortfarande sitt eget sinne och sin fria vilja.

“The snake?’ said Harry, startled. ‘You can use animals as Horcruxes?’

‘Well, it is inadvisable to do so,’ said Dumbledore, ‘because to confide a part of your soul to something that can think and move for itself is obviously a very risky business.”
- Harry Potter and the Half-Blood Prince, Chapter 23 (Horcruxes)

Det betyder att Nagini inte skulle "tas över" helt av den mörka herren, och skulle indikera om hon har en själ, skulle den vara separat, inte kombinerad med den mörka herren. Hon hade en förbindelse med den mörka lorden av hans själ, men hon var en individ, men en med ett nära knyta till honom.

Deras anslutning som möjliggjorde kommunikation mellan dem verkade inte som regel involvera sina själar som interagerar med varandra. Medan det inte finns mycket information om hans samband med Nagini, känner den mörka herren bara outhärdlig smärta från nära kontakt med Harrys själ när han försöker besätta Harry, men inte när Harry ser på sig. Deras anknytningar är knutna, men den mörka herren har ingen kontakt med sin själ tills det försök att besitta honom. Även då är deras själar i nära kontakt, men det beskrivs inte som ett försök att slå samman sina två själar tillsammans.

“Not so long ago he had one, small taste of what truly sharing Harry’s mind means to him. It was pain such as he has never experienced. He will not try to possess Harry again, I am sure of it. Not in that way.’

‘I don’t understand.’

‘Lord Voldemort’s soul, maimed as it is, cannot bear close contact with a soul like Harry’s. Like a tongue on frozen steel, like flesh in flame –’

‘Souls? We were talking of minds!’

‘In the case of Harry and Lord Voldemort, to speak of one is to speak of the other.”
- Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 33 (The Prince’s Tale)

Deras själar och sinne har tydligt en koppling, men de är normalt inte i nära kontakt, tills den mörka lorden själv, inte bara en själsdel, försökte besitta Harry. Härav kan vi konstatera att den mörka Herren skulle komma i nära kontakt med Naginis själ (om den existerar) när hon äger henne, men inte nödvändigtvis när han bara kommunicerar med henne. Det är oklart exakt hur de kommunicerar på avstånd, som när Nagini var förklädd som Bathilda Bagshot och fick berätta för honom att hon hade Harry, men det verkar troligt att det inte är deras själar som slår samman på något sätt.