Om inte något har förändrats sedan jag senast tittade på detta (och det har varit några år), är det enda alternativet att flyga . I dessa dagar med lågprisflygbolag kan det också vara billigare att flyga via t.ex. Kuala Lumpur på Air Asia, även om det inte är geografiskt korrekt.
Och för varför finns det inga färjor: De sydliga Filippinerna (Mindanao) är starkt muslimska och i delar lite korta från en krigszon, medan norra Sulawesi är starkt kristen. Det är sålunda mindre kulturell anslutning, och därmed mindre efterfrågan än vad du skulle tänka på avståndet ensamt.