Din förståelse är inte korrekt, hon kan faktiskt gå in i Tyskland utan visum, liksom alla innehavare av uppehållsdokument från Schengenländerna. Detta beror inte alls på den fria rörligheten (det är därför det inte kräver att hon är hos mannen), men enligt Schengengränsskoden, artikel 6.1 b och gäller även för regelbundet uppehållstillstånd (dvs. för personer som bor någonstans i Schengenområdet som studenter, arbetstagare etc. utan att ha något förhållande till en EU-medborgare).
När du besöker andra Schengenländer måste du i alla fall uppfylla alla villkor för besökare (tillräckliga ekonomiska medel etc.), men det finns även ett uttryckligt undantag för transitering: Om du reser till ditt hemland (och kan bevisa det med en biljett), dessa villkor kan avstå. I praktiken, om du har ett uppehållskort för familjemedlem till en EU-medborgare, är dina rättigheter så starka att gränsvakterna sällan stör om än att fastställa att du verkligen är innehavare av kortet.
Exemplet du märkte gäller icke-Schengenländerna (det finns knappast synliga punkter på sidan) och gäller bara där.