El-Aurians har något som liknar ett eidetiskt minne. De är allmänt kända för att kunna återkalla med absolut klarhet något som hände för hundratals år sedan. Det är möjligt att denna förmåga gjorde det möjligt för Guinan att uppfatta skillnaderna i tidslinjen under "gårdagens företag", men det finns också en alternativ förklaring.
En oanvänd scen i ST: G-skriptet förklarade att El-Auriansna som hade fångats i Nexus - inklusive Guanan och Soran - hade en unik uppfattning om tiden efteråt. Detta hänvisas också till i TNG-novellen "The Buried Age."
TV-episoden filmades långt före filmen, men vid den tidpunkten hade författarna ingen aning om att Guinan någonsin fängdes i Nexus, eller ens att Nexus-bandet existerade. Det finns ingen förklaring i själva avsnittet, men det här är det närmaste vi har:
GEORDI: How could Guinan know that history has been altered... if she's been altered along with the rest of us?
DATA: Perhaps her species has a perception that goes beyond linear time.
Senare får vi detta uttalande från Guinan själv:
GUINAN: I don't have alternate biographies of the crew, Tasha. I told the captain... it's just a feeling.
Så, utan att höra från författarna själva, är vi kvar att anta att den ursprungliga avsikt var att El-Aurians skulle få en "sjätte känsla" som gjorde det möjligt. Detta kommer senare att retconned så att endast El-Auriansna som fångades i Nexus hade denna förmåga på grund av deras Nexus-exponering. Eftersom den scenen inte inkluderades i den slutliga filmen anses den förmodligen inte som kanon.
För att svara på din ursprungliga fråga får allt detta oss att tro på att - oavsett vilken omständighet eller förmåga som tillåter Guinan att "känna" skillnaden - denna förmåga skulle bara sträcka sig till den individuella El-Aurians specifika universum / dimension / tidslinje . Så, i princip, skulle varje "version" av Guinan känna att hennes egen version var den rätta, och hon skulle bara känna av förändringar gjorda i den versionen.