När Morpheus tar Neo på en rundtur på fartyget pekar han på kärnan.
This is the core where we broadcast our pirate signal and hack into the Matrix.
Han pratar inte bara om att spricka en brandvägg för att ladda upp människor och låta sina tankar hoppa över. När en besättning sätts in i matrisen, är det en ständigt igångsignal, eller deras kroppar skulle inte ständigt hoppa varje gång matrisen ger sina avatarer fysiskt trauma. Bössorna i kraftverket har en konstant anslutning; deras skeppssignal är faking samma effekt.
Det är också varför de är tveksamma om att använda EMP när de är attackerade i slutet av filmen. Om de använder det bryter de Neos länk, och Neo dör.
När det gäller telefonen, ja, telefonen är lite symbolisk som en anslutning till någon annanstans. Mer praktiskt taget är det dock en stor chore under normala omständigheter att koppla någon säkert från matrisen, eftersom maskiner inte släpper ett batteri tills det dör (bevittna inställningen som får Neo ut första gången). Så att knacka in i telefonsystemet som en del av deras hack för att ge en säker kopplingspunkt är bara en del av deras missionskörning.