I Schengenområdet, på de flesta flygplatser (så vitt jag vet kan alla flygplatser passera) finns det en särskild Schengens flygplatszon och internationell zon.
I allmänhet passerar du gränsen in / ut från Schengen endast om det behövs. Om ditt ursprung och resmål är båda utanför Schengenområdet, om du bor i flygplatsens internationella zon behöver du inte korsa gränsen och behöver därför inte visa.
Om du vill gå till staden för en turismspaus på din resa, bör du kontrollera landets exakta politik för transitvisum. Flera erbjuder ett sådant alternativ. Svaret från @Paul Raftery ger dig information om Schweiz.
Om din slutliga destination är i Schengenområdet, bör du korsa gränsen till Schengen vid den första flygplatsen du flyger in .
OBS: Svaret är flyttat från Transit genom Stockholm (Schengen) från Peking till Ukraina? för att få ett generellt Schengentransitsvar.
EDIT: Medborgare i några länder behöver ett transitvisum för flygplatsen, titta på detta andra svar för detaljer om tyskt transitvisum.