Magic.
Scarlet Witch har förmågor som uppenbarligen ligger långt utöver vad de kan göra. Medan de aldrig någonsin använt ordet "magi" i filmuniverset, i serierna, är hennes makt uttryckligen magisk. Som sådan är det orättvist att förvänta sig att det har någon grund i den fysiska verkligheten.
I filmen fick hon telekinetiska och telepatiska krafter av Mind Stone inbäddad i Loki scepter. Detta låter henne bland annat utöva en kraft mot föremål mentalt utan att behöva vara i kontakt med dem. I det här specifika fallet kunde hon utöva en kraft mot tåget som var fristående från tåget - det var inte hennes kropp som drog mot tågets hjul, det var helt mentalt, så det spelade ingen roll att hon var inne i tåget vid den tiden.
Om du tittar noggrant mycket gör hon bara bromsarna: hon stoppar hjulen från att vrida på samma sätt som ett bromssystem gör. Men vi kan också se henne "dra" på tåget som hon gör för att få det att vila längre. Bromsdelen är givetvis bara friktion, men den andra delen är helt ned till sina krafter.