Neo var effektivt resultatet av en "Glitch", varför han lyckades uppnå omöjliga saker medan han var inne i progam. Han kunde kringgå sina restriktioner och göra sin säkerhet och skydd meningslöst (som om Hacker-ockupationen inte var subtil nog en aning).
Agent Smith var resultatet av matrisen och försökte automatiskt korrigera denna Glitch genom balans ungefär som ett mänskligt immunsystem som skapar anti-kroppar för att attackera ett virus, vilket i teorin är vad Neo hade blivit.
Matrisen Behövs Agent Smith för att "balansera det kalkylblad", så att säga.
Om Neo besegrades av Antikropparna (Smith), finns det inte längre något behov av att dessa antikroppar existerar och så kommer Matrix automatiskt återställa balansen genom att radera Smith.
Den överenskommelse som gjordes av Neo och källan (ett uttryck för Matrix-gränssnittet) var en av tillfredsställelse, inte överlämnande. Han skulle effektivt offra sig för ett våldsavtal med Zion.
Tanken att matrisen är av en egentligen självbalanserad, autokorrigerande natur, är faktiskt sådd i den första filmen, under Smiths "Equilibirium" -tal.
Jag antar att de kallar det förskuggning ...