Puerto Rico är ett USA-territorium och samma regler för invandringsändamål gäller som i alla amerikanska stater (detta gäller inte alla amerikanska territorier, men det gäller Puerto Rico). Precis som transiter på fastlandet amerikanska flygplatser kräver att du går genom invandring, alla transiter i San Juan kräver att du går igenom USA: s invandring. Du behöver en amerikanska visum.
Enligt sleepininairports.net, kan du inte sova över natten på San Juan flygplats och det är blandat rapporter om huruvida sover över natten på flygplatsen är tillåtet alls.