TL; DR Du borde ha det bra.
Citronbröd, bananbröd, etc är snabba bröd. De tillverkas med "muffinmetoden". Som du sa, är fett och socker creamed tillsammans, emulgerat med ägg och sedan införlivat i de torra ingredienserna.
Fettet och sockret är krämda för att införa luft som hjälper till att definiera den slutliga texturen. Ibland bildar emulsionen inte korrekt. Som du märkte, orsakade citronen din smet att skilja.
Det är okej. Du kan blanda i de torra ingredienserna. Jag förväntar mig att den brutna emulsionen skulle påverka den slutliga strukturen - men de gånger då det här har hänt mig märkte jag inga problem med slutprodukten.
Kom ihåg att inte blanda de torra och våta ingredienserna. Du vill inte ha mycket gluten i denna typ av "bröd".