tl: dr: globalt, tillämpas den systemiska förstörelsen av något bevis som bekräftar förekomsten av kaos, Ordo Malleus och Gray Knights. Men för "cool" skull är det förbisedt av vissa författare.
Längre svar:
Det beror på din referens.
Enligt de första böckerna som beskriver Warhammer 40k Universum, Rogue Trader och Chaos Realm, måste alla möten med en demon eller någon kraft från Warp rengöras av inkvisitionen (specifikt Ordo Malleus). De överlevande från Armaggeddon-kriget deporterades till ett arbetsläger och steriliserades för att dö med sina hemligheter. Och nya bosättare skickades till Armaggeddon för att ersätta dem och hålla fabrikerna igång. När utvisningen inte kan utföras på rätt sätt, kan inkvisitören använda Exterminatus för att torka befolkningen direkt. Det är vanligen en bakteriebomb som dödar alla livsformer som uppstår och sprider sig på hela ytan. I vissa fall (en hive-värld eller en värld med en toxisk atmosfär där invånarna skulle bära tunga skydd redan) används mer konventionella vapen. När det gäller rymdmarinerna är de alltför värdefulla för att bli dödade, så de blev "helt enkelt" sjuka skrubbade och kom tillbaka till strid efter en tid att lära sig att använda en sked. De grå riddarna kan också ingripa för att hjälpa reningen.
Och eftersom Ordo Malleus och Grey Knights också är bevis på att kaos finns, måste deras existens vara en hemlighet också.
I alla fall, i de tidiga böckerna, måste varje kontakt med en Demon rengöras av inkvisitionen, speciellt av Ordo Malleus (den enda namnet Ordo i de böckerna).
Vid den tiden fanns Adeptus Sororitas inte, men vi kan anta att de skulle dela Space Marines öde. Mind scrubbed, och re-education. Detta skulle förklara varför, i en bok du citerar, har en syster några minnesvärden när hon ser Grey Knights.
Men då inkvisitören lade flera fraktioner till inkvisitörerna blev kaos arméerna mycket populära bland spelarna, även de grå riddare och romaner multiplicerade. Och kaos blev en "vanlig aning". För berättelser och kampanjer tenderar den systemiska raderingen av någon överlevare efter ett kaotiskt utbrott att förbises. Det kan förklaras av det faktum att den nuvarande bakgrunden alltid berättas från en specifik synvinkel. Så kanske var närmaste inkvisitören förvånansvärt empatisk och bestämde sig för att överleva de överlevande, eller ännu värre, för att förhärda "hjältarna". Kanske fanns det ingen inkvisitor inom sektorn. eller kanske straffet är på väg ...
Till min kännedom är den gamla bakgrunden fortfarande tillämpad, tills officiella källor säger något annat. Såsom en allmän regel används straffet. Nu är Galaxen stor, och varje inkvisitör kan bestämma sin egen regel ... (även om det här kan ge några bekymmer från sina kamrater, om de någonsin upptäcker det)
Black Library-romaner anses inte vara "canon". Bara historier som publiceras i Codex, regelboken och Vitdvärmen är material som skrivits av GW-författare och är officiella. Nu händer det att vissa delar från BL, videospel eller från RPG blir officiella. Men de flesta av romanen representerar en tolkning av universum, av dess författare.